עמותת אקים נוסדה בשנת 1951 על ידי קבוצת הורים לילדים עם פיגור שכלי.

לנוכח ההשקפות הרווחות באותה תקופה, התאחדו ההורים סביב חזונם המשותף להביא לשיפור איכות חיי ילדיהם באמצעות שינוי תפיסות הממסד והחברה הישראלית כלפי אנשים עם פיגור שכלי.
שנים של נחישות ועשייה בלתי מתפשרת הפכו את אקים לגוף הגדול והמוביל בארץ הפועל למען מטרה זו בכל תחומי החיים: בחינוך, דיור, תעסוקה, פנאי, תרבות, רפואת שיניים, נופש, גיוס לצה"ל ועוד.
החזון שחרטה העמותה על דגלה הביא לשינויי מהפכני והעלה את קהילת האנשים עם הפיגור השכלי משולי החברה אל מרכז ההוויה והתודעה של החברה הישראלית.
כיום מייצגת העמותה  כ - 34,000 אנשים עם פיגור שכלי ואת בני משפחותיהם בארץ והן בפורומים בינלאומיים בתחום הפיגור השכלי.

אקים פועלת באמצעות 62 סניפים מקומיים ואזוריים בכל רחבי הארץ ובכל המגזרים.  גופים אלה מופעלים בעיקר על-ידי מתנדבים: הורים לילדים עם פיגור שכלי ואחרים. הסניפים מונחים באמצעות עובדים סוציאליים, הפועלים במסגרת המחלקה לסנגור קהילתי. 
אקים מפעילה ברחבי הארץ  שירותים בתחום הדיור בקהילה בתוך שכונות מגורים מרכזי יום לתעסוקה לאנשים עם פיגור שכלי סיעודיים, מרפאות שיניים יחודיות לאוכלוסייה, פרוייקט נופש ארצי, גיוס לצה"ל, קו סיוע בעברית ובערבית הפנאי (מועדונים), פרוייקט תעסוקה בדרך אחרת להשמת אנשים עם מוגבלויות במקומות עבודה בשוק החופשי, (בשיתוף עם הביטוח הלאומי), קבוצות תמיכה להורים, ערבי זכויות ועוד.  

עמותת אקים הינה מלכ"ר (ללא כוונות רווח) המתקיימת מתרומות המתקבלות מהארץ ומהעולם ונעזר לשם כך באגודת ידידים בארץ ובאגודות ידידים ברחבי העולם,  וכן מפעילה אקים שירותים לאנשים עם פיגור שכלי מכספי המדינה.

במשך כל שנות קיומה, פועלת העמותה לקידום זכויותיהם של אנשים עם פיגור שכלי באמצעות חקיקה (על כך תוכלו לקרא ב"הישגי העמותה") ובאמצעות פיתוח חלוצי של מודלים שירותיים.  כמה ממודלים אלה אף עוגנו בחקיקה ואומצו על-ידי הממסד, כחלק אינטגראלי ממערך הטיפול באדם עם הפיגור השכלי, ביניהם: מכוני התפתחות הילד בצמוד לבתי החולים ולקופות החולים; פעוטונים לילדים מתחת לגיל חינוך חובה; חוק החינוך המיוחד מגיל 3 עד גיל 21; מערכי דיור חוץ-ביתי במסגרת הקהילה: הוסטלים ודירות; נופשים לאנשים עם פיגור שכלי; פעילות במועדונים  בשעות הפנאי; פעילות ספורט רחבת היקף המותאמת לאנשים עם פיגור שכלי בכל הגילאים ובכל רמות היכולת לרבות אנשים היושבים על כסאות גלגלים, קשישים ואנשים וקשיי ניידות. סדנאות בתחום אמנות הבמה, אמנות פלסטית ועולמות תוכן נוספים.
 
כדי לקדם, לשפר ולשמור על זכויותיהם ואיכות חייהם של הדיירים במעונות הפנימייה יזמה אקים והקימה את ועדי ההורים במעונות הפנימייה ואת ועד ההורים הארצי.
כמו כן דואגת העמותה למינוי אפוטרופוסים לאנשים עם פיגור שכלי, בין אם מתוך משפחותיהם ובין אם מטעם עמותת "אקים לאפוטרופסות", המקבלת על עצמה את האפוטרופסות על אנשים עם פיגור שכלי שבני משפחותיהם אינם מסוגלים, מסיבות שונות, למלא את התפקיד.
אקים שואפת לתת ביטוי לרצונותיו של האדם עם פיגור שכלי באמצעות טיפוח הסנגור העצמי.  בתחום שירותים אלה היא פועלת בשיתוף פעולה הדוק עם האגף לטיפול באדם עם פיגור שכלי שבמשרד הרווחה והשירותים החברתיים. 
בתחום החקיקה והמשפט, דואגת אקים ליזום חוקים שנועדו להבטיח את הזכויות של אנשים עם פיגור שכלי ולנקוט צעדים לאכיפתם, במקרים בהם הרשויות מתרשלות בכך.
 
העמותה משמשת גם כגוף מייעץ, מלווה, מנחה ותומך לאנשים עם פיגור ולבני משפחותיהם. לשם כך היא יסדה את קו התמיכה והסיוע "הורים למען הורים", המאויש על-ידי הורים ובני משפחה אחרים הקשובים לצרכיהם של הפונים. במקביל לקו התמיכה והסיוע פועל (במסגרת פורטל "תפוז") פורום אינטרנט למשפחות אנשים עם פיגור שכלי.
 
מטה אקים, השוכן בבית אקים ברחוב פינחס רוזן 69 בתל-אביב, מרכז את הפעילות המקצועית ברמה הארצית, יוזם ומפעיל מגוון מקיף ומקצועי של שירותים. 
בין המחלקות השונות במטה המקצועי קיימות המחלקות הבאות:
האגף לסנגור קהילתי, האגף לתרבות אמנות וספורט, מחלקת הדיור , מחלקת שירותים (בינוי, שיפוץ והצטיידות),  מחלקת תעסוקה, מחלקת רפואת שיניים, מחלקת גיוס משאבים, מחלקה משפטית, מחלקת משאבי אנוש והדרכה ומחלקת כספים.